LA CAPPELLA CENTRALE
Nel presbiterio è collocata la famosa stanza dei Santi con il grande affresco dell'Apparizione.
Venne conservata la parete di fondo ovest e gli affreschi vennero incorniciati da una grande ancona in legno scolpito, dorato e dipinto, suddivisa in quattro scomparti. In alto sempre in legno scolpito dorato e dipinto, in rilievo cartelle raffiguranti: la Visitazione, lo Sposalizio e la fuga in Egitto. Dette opere sono dei Fantoni. Nella volta campeggia la tela dell'Immacolata tra un coro di Angeli, dipinta da Domenico Carpinoni. Negli angoli e nei vani intermedi ci sono opere affrescate dal pittore Cesare Maironi. Sulle pareti di fianco sono due ovali molto belli con la deposizione della Croce e la reposizione al sepolcro. Le due opere sono attribuite ad Antonio Guadagnini. Ci sono poi due cappelle laterali una dedicata a S. Anna e l’altra a S. Giuseppe con i rispettivi altari abbelliti da quadri del Guadagnini. Le volte abbellite dagli stucchi sono completate da numerosi ovali che glorificano la Madonna.
Cappella centrale Ai piedi della stupenda ancona dell'affresco è collocato l'Altare Maggiore. Si presenta in bella armonia di marmi policromi con sculture e intarsi. La mensa è arricchita sulla fronte di un bel paliotto decorato da formella in marmo bianco ad alto rilievo che rappresenta il fatto dell'Apparizione, coronata da due angioletti quasi a tutto tondo. Seduti sui modiglioni ai lati del palio altri due angioletti. I gradini per i candelieri sono due con intarsi di marmi a girali, uccelletti e madreperle coronano ai lati il tabernacolo a tempietto ottagonale riccamente decorato. Tutto il lavoro delle opere descritte è dei Fantoni.
LA VOLTA E LA NAVATA
Sull'arco' trionfale che chiude il presbiterio è il grande affresco della scena dell'Apparizione eseguito da Cesare Maironi.
Al centro della volta quattro belle grandi tele di autore ignoto. Sui fianchi della volta una bella sequenza di 6 affreschi che commentano le varie invocazioni contenute nella " Salve Regina ". L'autore più probabile è Francesco Bergametti discepolo del Guadagnini. Lungo la navata, sui due lati sono state affrescate dal pittore Cesare Maironi figure dell'antico testamento. Nella volta sono riportate in quattro lunette scene di altre quattro apparizioni, tra le più ricordate, della Vergine Santa: Quella della Madonna del miracolo di Desenzano, quella del Santuario di Tirano in Valtellina, quella della Madonna della fontana in Caravaggio, e quella di Lourdes. Lungo le navate laterali sono raffigurati nelle volte due teorie di Santi. Sono opera di Alberto Maironi , fratello di Cesare. Le due navate sono arricchite da due dipinti ad olio su tela del pittore Antonio Guadagnini raffiguranti una l'adorazione dei Magi e l'altro le Nozze di Cana. Sono grandiosi e molto belli, vengono ritenuti tra le opere migliori di questo pittore. Sul lato della navata laterale è stato posto un affresco del XV secolo donato da un privato di Ardesio al Santuario. Rappresenta il Mistero dell'Annunciazione di Maria Vergine. Tra i quadri e dipinti del Santuario, non va dimenticato L'incoronazione della Vergine con S. Carlo Borromeo in preghiera, un dipinto ad olio, del XVII secolo. La maniera dell'esecuzione è quella di Palma il Giovane.