Conseguita dagli abitanti di Ardesio la desiderata licenza di erigere sul luogo una Chiesa a memoria della gloriosa Apparizione, il Comune, nel suo «Consiglio» in data 13 gennaio 1608 , deliberò la somma di 4300 lire imperiali per pagare la casa di Marco Salera ed altre adiacenti che vennero demolite, ad eccezione della stanza delle Immagini che fu tenuta intatta per formarvi la Cappella Maggiore della Chiesa.

Il Santuario

Il 24 giugno 1608, in solenne processione , con il Parroco don Gaffuri, fu collocata la prima pietra.
Incorporata ad essa, una lastra di piombo recava questa iscrizione latina:
« nel giorno 24 giugno 1608, essendo Papa Paolo V e Doge in Venezia Leonardo Donati , Vescovo di Bergamo Givanni Battista Milani, la prima pietra di questa Chiesa è posta per mano del Sacerdote Andrea Gaffuri, Parroco ».
I lavori di costruzione procedettero con solerzia. Il Comune mise a disposizione i suoi boschi ed altre somme per pagare la manodopera degli operai. A più riprese si susseguirono delibere consiliari per molteplici concessioni. La motivazione era sempre all'unanimità , così formulata:
« à questo acciò detta Vergine Maria interceda presso Dio per questo Comune ».
La popolazione prestò la sua collaborazione offrendo una giornata a turno per lavorare. La fabbrica fu accelerata in modo tale che il 5 agosto 1608, finita la cappella dell'altare maggiore, vi fu celebrata la prima Messa e quindi con solennità una seconda dall'Arciprete di Clusone. Tale ricorrenza fu la solennità più grande del Santuario fino al 1691, anno in cui con publica delibera, si stabilì di festeggiare la data del 23 giugno di ogni anno, anniversario dell'Apparizione, essendo tra l'altro terminati i lavori di costruzione. Il Sommo Pontefice Paolo V con Breve del 27 gennaio 1609 concesse l'indulgenza plenaria a chi visitava il Santuario nel giorno dell'Annunciazione della Beata Vergine Maria (non era ancora fissata la celebrazione per il 23 giugno) e pregava per la concordia dei principi cristiani, l'estinzione delle eresie e l'esaltazione della Santa madre Chiesa. Con un altro Breve del 29 luglio 1617 lo stesso Pontefice Paolo V ordinò che la Chiesa del miracolo avesse una sua amministrazione autonoma, non venisse mai vincolata a commenda o beneficio ecclesiastico alcuno; l'amministrazione di tutti i beni, di qualunque natura e da qualsiasi parte provenissero, rimanesse sempre in mano agli uomini di quella terra. Solo ne dovevano rendere conto al Vescovo Ordinario ogni anno. (i due brevi sono conservati, in originale , nell’archivio del Santuario). Questi documenti non solo dimostrano il sollecito intervento dell'autorità ecclesiastica, ma sono anche la prova della veridicità storica dei fatti narrati.

Il campanile

Nel 1645 iniziò la costruzione del campanile conclusasi circa vent'anni dopo con la spesa di ventimila scudi. Si adoperò marmo locale fornito dalla cava che ancor oggi è chiamata la «Corna della Madonna». Raggiunge l'altezza di 68 metri con una elegante linea architettonica che lo rende uno dei più ammirati della diocesi.La costruzione della struttura venne affidata all'Arch. Giovmaria Bettera da Gandino che era anche l'autore del disegno approvato all'unanimità.
Si assicura che il Card. Carrara alla vista del campanile, affermasse alla presenza del Vescovo di Bergamo Mons. Paolo Dolfin: « non ho visto cosa più solida né più elegante fuori delle porte di Roma». Le otto campane in-Re Bemolle maggiore classico che salutano i pellegrini furono fuse nella Fonderia Crespi da Crema nel 1780.